A questa scoperta, ottenuta dal professor Alberto Carlo Blanc, ne seguirono altre che dimostrarono la presenza sul territorio anche dell'Homo Sapiens.

Le prime notizie da fonti letterarie si cominciano ad avere nel VI secolo a.C. e documentano la presenza di una colonia latina sul territorio; fonti confermate dai resti di un tempio e delle mura dell'antica città rinvenuti in località Colle Monticchio datate lo stesso periodo.

Nel 491 a.C. l'antica Circeii, che era sotto il controllo di Roma, venne occupata per un centinaio di anni circa dai Volsci per poi ritornare ai romani. Questi ultimi vi ci insediarono una seconda colonia latina e costruirono la cinta muraria dell'Acropoli.

La città era di piccole dimensioni e non ebbe mai una grande importanza nonostante vi ci passasse la Via Severiana, costruita da Settimio Severo nel III secolo d.C.

Alla caduta dell'impero romano la città entrò in un brutto periodo caratterizzato da incursioni barbariche e saracene.

Nel periodo medievale la Rocca Circeii è più volte mensionata come una delle più sicure dello Stato Pontificio e compare anche sotto il nome di Castrum Sancti Felicis, probabilmente per indicare che nelle mura non vivevano solo militari ma anche civili.

Nel XIII secolo Papa Gregorio IX cede la Rocca ai Templari per difendere il litorale dagli attacchi dei pirati, questi vi rimasero per circa venti anni e vi costruirono la Torre dei Templari e il Convento, costruzioni a tutt'oggi inalterate per fascino ed importanza storica.

Dopo questo breve periodo templare,alla fine del XII secolo, il Castrum passa sotto il dominio degli Annibaldi, che lo vendono nel 1301 a Pietro Caetani. La famiglia Caetani ne rimane proprietaria per circa 400 anni, poi San Felice passa a Francesco Maria Ruspoli, a sua figlia, alla Reverenda Camera Apostolica e al Principe Stanislao Poniatowsky.

Il principe fece costruire svariati edifici tra cui il Casino di Caccia, l'attuale Villa Bocchi, e l'ultimo piano del palazzo baronale. Il feudo passò poi nuovamente sotto il controllo della Reverenda Camera Apostolica fino al 1870, anno dell'unificazione d'Italia.