Il paese si sviluppo attorno ad un castello sul promontorio di San Magno, al riparo dalle incursioni marine dei Saraceni, e prese il nome dalle numerose cavità naturali della zona (speluncae).

Le prime notizie documentate del "castrum Speloncae" si hanno nel X secolo: pare infatti che il castello comprendesse una chiesa dedicata a San Pietro, protettore dei pescatori, e che pian piano il paese vi si sviluppò attorno. Nell'XI secolo l'abitato fu cinto da mura, delle quali rimangono due porte: "Portella" o "Porta Carrese" e "Porta Marina", che portano lo stemma della famiglia Caetani.

Nei secoli successivi Sperlonga venne caratterizzata da un gran numero di incursioni, malgrado la costruzione di numerose torri di avvistamento il paese non riuscì a resistere, nel 1534, all'attacco del pirata saraceno Khair Ad-Dìn, detto il Barbarossa, e la città venne distrutta. L'arrivo dei Turchi, nel 1622, si tradusse in una seconda distruzione della città.

Con la ricostruzione del XVIII e XIX secolo Sperlonga assunse la sua attuale conformazione e vennero erette nuove chiese e palazzi sognorili.

Oggi Sperlonga non è più un paese di pescatori ma la sua economia si basa principalmente sul turismo, grazie soprattutto al gran numero di servizi turistici sorti sul territorio negli ultimi anni e alla bellezza delle spiagge.